1. ผู้ปฏิบัติงานในห้องสะอาดต้องปฏิบัติตามกฎการปฏิบัติงานของห้องสะอาดอย่างเคร่งครัด ควรปิดประตูและหน้าต่างของห้องสะอาดไว้ตลอดเวลา ควรมีพื้นที่กันชนสำหรับการถ่ายโอนบุคลากรและสิ่งของระหว่างห้องสะอาดและห้องอื่น และควรมีอุปกรณ์อาบน้ำอากาศเพื่อป้องกันการพาความร้อนของอากาศ ไม่อนุญาตให้บุคลากรที่ไม่เกี่ยวข้องกับการผลิตเข้าไปในห้องสะอาด
2. ความถี่ของการแลกเปลี่ยนอากาศในห้องคลีนรูมและปริมาณอากาศที่จ่ายของระบบฟอกอากาศเป็นปัจจัยภายในหลักที่รักษาแรงดันบวกและความสะอาดของห้องคลีนรูม แต่ถูกจำกัดโดยความต้านทานสุดท้ายของตัวกรองในทุกระดับในระบบฟอกอากาศ
3. อุปกรณ์ในห้องสะอาดต้องได้รับการทำความสะอาดและการบำรุงรักษาตามกำหนดเวลาและมีเจ้าหน้าที่คอยดูแล และวัสดุและน้ำยาทำความสะอาดที่ใช้ในการทำความสะอาดต้องเป็นไปตามข้อบังคับของการจัดการห้องสะอาดหรือไม่
4. สำหรับผู้ใช้ ความสะอาดของห้องสะอาดถือเป็นความกังวลสูงสุด แหล่งมลพิษที่ใหญ่ที่สุดในห้องสะอาดคือผู้คนและสิ่งของที่เข้ามาในห้อง อนุภาคฝุ่นที่เกิดขึ้นระหว่างการผลิตก็เป็นอีกปัจจัยหนึ่งที่ส่งผลต่อความสะอาดภายในห้อง
5. การแยกคนและการจัดการด้านโลจิสติกส์อย่างเหมาะสมมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการรักษาความสะอาดภายในอาคาร ก่อนเข้าห้องปลอดฝุ่น พนักงานต้องเปลี่ยนเสื้อผ้า เป่าลม และอาบน้ำหรือไม่ และเครื่องแต่งกายเป็นไปตามมาตรฐานการจัดการความสะอาดหรือไม่ บุคลากรบางคนที่มีกระบวนการผลิตพิเศษและข้อกำหนดด้านความสะอาดสูงยังต้องอาบน้ำก่อนเข้าห้อง ก่อนเข้าห้องปลอดฝุ่น ต้องเปลี่ยนบรรจุภัณฑ์หรือไม่ และวัสดุที่เปลี่ยนใหม่เป็นไปตามมาตรฐานห้องปลอดฝุ่นหรือไม่ เป็นต้น